La emperatriz Isabel de Portugal vino a España con su corte de damas, entre ellas Isabel Freire. Ésta no sabía ni que existía Garcilaso, pero él se quedó perdidamente enamorado. Su modo de andar alegre -su meneo, dice el poeta; su contoneo, se, diría después- venía a ser anuncio de otras delicias de la carne. La dama portuguesa fue referencia y punto de partida para las que tras ella vinieron, llenando el corazón del poeta y sus versos de una profunda melancolía. No se sabe si fue correspondido o no, al menos el tiempo suficiente para comprobar si aquella pasión fue verdadera. Pero el amor crecía en Garcilaso y su obra, incluso cuando Isabel se casó con un hombre gordo y romo en amores y ambiciones.En 1520, el rey manda a Garcilaso a Italia. Después volvió a España y volvió a irse a Nápoles. Allí conoció la cultura renacentista y la trajo a España. Al volver a Italia, se entera de la muerte de Isabel de Freire. Murió en el parto.
La escribió decenas de poemas, aunque nunca la llegó a tocar. No hubo en sus versos ira ni reproches, ni mucho menos celos de amante resentido, de amor que pudo ser y se quedó en el camino de tantos otros antes; su amor salió a la luz doblemente en sus églogas disfrazado de diversos nombres, que van de Elisa a Galatea. Después de Isabel tuvo varias amantes, alguna de las cuales le dio un hijo, pero como un río subterráneo, como fuente perenne, el recuerdo de Isabel de Freire continuó fluyendo en Garcilaso hasta el día de su muerte.
